Museum Gubug Wayang menyelenggarakan Program Temporary Museum dengan UIN Sunan Ampel Surabaya. Temporary Museum ini bertema sejarah peradaban islam Pulau Jawa hingga masa kemerdekaan. Koleksi yang di tampilkan adalah Wayang Golek Walisongo, Wayang Golek Gus Dur, Wayang Golek Hasyim Ashari, dan Wayang Golek Soekarno. Temporary Museum ini juga menampilkan koleksi guci dan keramik peninggalan masa perdagangan antara China dan Nusantara terutama dalam hal penyebaran islam melalui media perdagangan antara Laksamana Cheng Ho dan pemerintah Majapahit kala itu.

Temporary Museum belokasi di Gedung Perpustakaan UIN Sunan Ampel Surabaya untuk menarik minat literasi mahasiswa UIN Sunan Ampel Surabaya. Tujuannya juga sebagai referensi penelitian bertajuk Sejarah Peradaban Islam Nusantara bagi seluruh Civitas Akademika serta mengenalkan kembali keberagaman budaya nusantara.

Kerjasama dengan UIN Sunan Ampel Surabaya ini di harapkan dapat berkembang bersama dalam program Temporary Museum dalam lingkup pemajuan budaya nasional khususnya pelestarian budaya daerah. Program ini untuk selanjutkan juga akan mempunyai program kaderisasi duta budaya tingkat mahasiswa. Kerjasama ini akan di resmikan secara langsung oleh pihak UIN Sunan Ampel Surabaya bersama Rektor dan Civitas Akademika lainnya.